«کوه ثور» کوهی مشهور و بزرگ‌تر از «کوه حراء» در جنوب شرقی «مسجدالحرام» است. این کوه در جنوب مكه واقع است و از تنعیم (محل محرم شدن مكیان براى عمره)، دیده مى شود. غار معروف ثور در شمال این كوه قرار دارد فاصله‌ی دورتر نسبت به شهر مکه واقع شده است.کوه ثور از سه کوه متصل به هم‌، شکل یافته است که در سومین آنها غار ثور واقع شده است و در منابع آمده است که نام این کوه «اطحل» بوده است، آورده‌اند که “ثور بن عبدالمناه” از اشراف قریش در آنجا زاده شده است . و به خاطر همین عده‌ای نام این کوه را برگرفته از نام “ثور بن عبدالمناه” می‌دانند. در جایی دیگر آمده است که بلندی این کوه مانند شاخ‌های گاو است به این علت کوه را «ثور» یعنی «گاو» می‌خوانند.در قدیم‌ الایام از دو راه کوهستانی به کوه ثور می‌رفتند؛ یک راه کوتاه و دشوار بود و از میان کوه‌های «خندقه» و «ابوقیس» می‌گذشت.و دیگری آسان بود؛ ولی طولانی‌تر بود و از راه «مسفله» عبور می‌کرد.این غار دو ورودی یا شکاف دارد، یکی غربی که بسیار تنگ است و تقریباً به کف غار چسبیده است و عبور از آن خیلی دشوار است و راه ورودی شرقی که تا حدودی پهن است و گویند پس از ورود پیامبر صلی الله علیه و آله به غار این شکاف به معجزه الهی ایجاد شد. به گفته‌ی “ابن جبیر”، دهانه‌ی غربی غار که پیامبر صلی الله علیه و آله از آنجا وارد شد، دو تا سه وجب و ارتفاع طول آن یک ذراع بود، در حالی که ارتفاع دهانه‌ی شرقی آن را پنج وجب گفته‌اند که مردم به راحتی از آن رفت و آمد می‌کنند. این کوه از زمان اقامت سه روزه‌ی پیامبر صلی الله علیه و آله، نزد مسلمان مبارک شمرده می‌شود و همواره مورد زیارت حاجیان بوده است.شهرت این کوه به سبب غاری است که پیامبر صلی الله علیه و آله در آغاز هجرتش از مکه به مدینه در «لیلة المبیت» برای رهایی از دست مشرکان به آن پناه برد و سه شبانه روز در غار ثور، معجزه آسا اقامت گزید.در سوره‌ توبه آیه‌ ۴۰ از این غار نام برده شده است: «إِلَّا تَنصُرُوهُ فَقَدْ نَصَرَهُ اللَّـهُ إِذْ أَخْرَجَهُ الَّذِينَ كَفَرُوا ثَانِيَ اثْنَيْنِ إِذْ هُمَا فِي الْغَارِ إِذْ يَقُولُ لِصَاحِبِهِ لَا تَحْزَنْ إِنَّ اللَّهَ مَعَنَا فَأَنزَلَ اللَّـهُ سَكِينَتَهُ عَلَيْهِ وَأَيَّدَهُ بِجُنُودٍ لَّمْ تَرَوْهَا وَجَعَلَ كَلِمَةَ الَّذِينَ كَفَرُوا السُّفْلَىٰ وَكَلِمَةُ اللَّـهِ هِيَ الْعُلْيَا وَاللَّـهُ عَزِيزٌ حَكِيمٌ»؛ اگر او را یاری نکنید، خداوند او را یاری کرد؛ (و در مشکل‌ترین ساعات، او را تنها نگذاشت؛) آن هنگام که کافران او را از مکه بیرون کردند، در حالی که دومین نفر بود و یک نفر بیشتر همراه نداشت، در آن هنگام که آن دو در غار بودند و او به همراه خود می‌گفت: «غم مخور، خدا با ماست» در این هنگام، خداوند سکینه و آرامش برای او فرستاد و با لشکرهایی که مشاهده نمی‌کردید، او را تقویت نمود و گفتار (و هدف) کافران را پایین قرار داد، (و آنها را با شکست مواجه ساخت؛) و سخن خدا (و آیین او)، بالا (و پیروز) است و خداوند عزیز و حکیم است.پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله در شب پنج شنبه، در اول ماه ربیع‌ الاول سال ۱۳ بعثت از مکه به مدینه هجرت کردند.رسول‌ اکرم از طریق وحی از توطئه مشرکان آگاه شد؛ چنان‌ که این واقعه در سوره‌ انفال آیه‌ی ۳۰ آمده است: «وَإِذْ يَمْكُرُ بِكَ الَّذِينَ كَفَرُواْ لِيُثْبِتُوكَ أَوْ يَقْتُلُوكَ أَوْ يُخْرِجُوكَ وَيَمْكُرُونَ وَيَمْكُرُ اللّهُ وَاللّهُ خَيْرُ الْمَاكِرِينَ»؛ به یاد آور هنگامی که کافران نقشه می‌کشیدند که تو را به زندان بیفکنند یا به قتل برسانند و یا از مکه خارج سازند، آنها نقشه می‌کشیدند و خداوند هم تدبیر می‌کرد و خداوند بهترین تدبیر کنندگان است.رسول خدا صلی الله علیه و آله در همان شب اول ربیع‌ الاول رهسپار غار ثور شد و “ابوبکر بن ابی قهافه” با وی همراه گشت و پس از سه روز که در غار ثور ماندند، در شب چهارم ربیع‌ الاول راه مدینه را در پیش گرفتند. قریش در جستجوی وی سخت در تکاپو افتادند و شخصی از میان قریش که ملقب به «ابوکرز» از قبیله‌ی خزائه بود و در شناختن رد پای افراد مهارتی بسزا داشت، اثر قدم‌های پیامبر صلی الله علیه و آله را از درب خانه تا غار پیدا کرد و تا دهانه‌ی غار ثور پیش رفتند.در اولین شب اقامت پیامبر صلی الله علیه و آله در غار خداوند فرمان داد عنکبوت بر در غار تار تنیده و موجب استتار بیشری شود و کبوتران وحشی بر دهانه‌ی غار لانه ساختند و نشستند در این هنگام جوانان قریش که از هر خانواده یک نفر آمده بودند با شمشیر و تبر از همه جلوتر به دهانه‌ی غار رسیدند و دو کبوتر وحشی را بر دهانه‌ی غار دیدند و برگشتند، دیگران گفتند: چرا به دهانه‌ی غار نزدیک نشدید؟ گفتند: دو کبوتر وحشی دیدیم و فهمیدیم که در غار هیچ کس نیست پیامبر صلی الله علیه و آله که این سخن را شنید، متوجه شد که خداوند به واسطه‌ی وجود آن دو کبوتر بلا را از ایشان دفع فرموده است. چون مشرکین دوباره در بیابان پراکنده شدند و در حوالی غار به جستجوی پیامبر صلی الله علیه و آله و ابوبکر پرداختند، ابوبکر ترسید و مضطرب شد، چنانچه خداوند در سوره‌ توبه آیه‌ی ۳۹ فرموده است: «لَا تَحْزَنْ إِنَّ اللَّهَ مَعَنَا…»؛ غم مخور خدا با ماست . رسول‌ خدا صلی الله علیه و آله سه روز همچنان در غار ماندند و در این مدت چند نفر بودند که از محل اختفای رسول‌ خدا صلی الله علیه و آله مطلع بودند و برای آن حضرت و ابوبکر غذا می‌آوردند و اخبار مکه را به اطلاع آن حضرت می‌رساندند، یکی امام علی علیه السلام بود که هر روزه به آنجا می‌رفت و دیگری “عبدالله بن ابی‌بکر” که شب‌ها را نزد آنها می‌رفت و دیگری غلام ابوبکر، “عامر بن فهیره” بود که گوسفندان ابوبکر را برای برای چرا بر در غار می‌برد و هنگام شب نزد پیامبر صلی الله علیه و آله و ابوبکر می‌رفت تا از شیر آنها بخورند پیامبر صلی الله علیه و آله در شب چهارم ربیع‌الاول از غار ثور خارج شدند و علی علیه السلام مقدمات سفر را فراهم ‌کرد. پس شتر را خریداری نمود و “عبدالله بن اریقط” را اجیر کرد تا به عنوان راهنما پیامبر صلی الله علیه و آله و همراهانش را در مسیر راه مدینه راهنمایی کند.