در کنار دیواره شرقى مسجد، حجره هایى براى سکونت همسران رسول خدا صلی الله علیه و آله ساخته شده بود. در آغاز چند حجره براى سکونت همسران رسول خدا صلی الله علیه و آله ساخته شد. این خانه ها که بیشتر اتاقى بیش نبودند، از خشت و گل ساخته شده و دیوارهاى آنها از شاخه درختان و گِل بنا شده بود. از میان نُه خانه که در سال آخر وجود داشت، پنج خانه هیچ گونه اتاقى نداشت و تنها سقفى بر روى آنها کشیده شده بود. این خانه بسیار ساده بوده و در قیاس با برخى از خانه هاى سنگى موجود در مدینه آن زمان که به عنوان اطم؛ یعنى قلعه کوچک یاد مى شد، شکلى بسیار بى آلایش و ساده داشتند. منابع تاریخى گزارش کرده اند که خانه ها همه در ضلع شرقى مسجد از جنوب به شمال بوده است. اما برخى اظهار کرده اند خانه اى که عایشه در آن سکونت داشته در ضلع جنوبى واقع شده بود و از آنجا به سمت دیوار شرقى تا باب جبرئیل ادامه داشته است. اگر این گزارش درست باشد، نباید رسول خدا صلی الله علیه و آله در خانه عایشه دفن شده باشد، بلکه احتمالاً در محلى دفن شده که بعدها عایشه ادعاى مالکیت آن را کرده و طبعاً حکومت هم جانبدار این ادعا بوده است. برخى محل دفن رسول خدا صلی الله علیه و آله را خانه حضرت فاطمه سلام الله علیها دانسته اند. متأسفانه منابع تاریخى محل دقیق خانه حضرت فاطمه سلام الله علیها را مشخص نکرده اند، اما به احتمال بسیار قوى خانه آن حضرت در میان مربع قبر و محراب تهجد بوده است. به طور قطع، محلى که احتمالاً قبر آن حضرت دانسته شده، خانه آن حضرت بوده است. این خانه ها در طرح توسعه ولید بن عبدالملک در اواخر قرن اول هجرى که شامل دیوار شرقى مسجد نیز شد، تخریب گردید. در حالى که مردم مدینه از تخریب آنها به شدت ناراحت بودند. آنها شاهد بودند که حجره هاى رسول خدا صلی الله علیه و آله که نشانه ساده زیستى آن حضرت بود این چنین تخریب مى شوند، به همین دلیل ساکنان مدینه در لحظه خراب شدن خانه ها مى گریستند. یکى از این خانه ها از آن فاطمه صغرى فرزند امام حسین علیه السلام بوده که با شوهرش حسن بن حسن بن على علیه السلام در آن زندگى مى کرده است. او حاضر به دادن خانه نشد اما آن را به زور از وى گرفتند. به نوشته برخى از منابع تا قرنها مردم از نماز خواندن در محل این خانه پرهیز داشتند و زمین آن را غصبى مى دانستند